La Dirección ejecutiva de Chile Innova reside en el Ministerio de Economía y está a cargo del director ejecutivo, quien es el Subsecretario de Economía o la persona en quién éste delegue dicha responsabilidad. Las principales funciones de la Dirección ejecutiva de Chile Innova son:

1. Coordinar y controlar la ejecución global del Programa, velando por el cumplimiento del contrato de préstamo, del marco lógico vigente y de los convenios de desempeño, y actuando como intermediario técnico y administrativo ante el banco;

2. Contribuir al diseño y aplicación de la política tecnológica del Gobierno, procurando un aumento sostenido de la inversión nacional en innovación tecnológica y una participación creciente del sector privado en ese esfuerzo;

3. Definir y asignar los estudios que realizará la dirección ejecutiva con cargo al Programa, y supervisar todos los estudios que se efectúen en el marco del Programa;

4. Coordinar las acciones de difusión del Programa;

5. Llevar un sistema de información acerca de la evolución del Programa, sus subprogramas y componentes;

6. Participar y coordinar los trabajos de seguimiento del Programa durante su ejecución, así como de su evaluación intermedia y ex post;

7. Velar por la debida consideración del género y de los elementos de gestión ambiental, laboral e indígena en el Programa;
   
   
8. Cumplir toda otra tarea que le corresponda de acuerdo con lo dispuesto en el reglamento operativo y en el contrato de préstamo.

La organización de la Dirección ejecutiva está representada en el siguiente organigrama:

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